Prodigy begint in 1990 nadat ravers Keith Flint en Leeroy Thornhill, DJ Liam Howlett ontmoeten op een rave. Ze zijn onder de indruk van de DJ en stellen voor om samen met Sharky, een vriendin van Flint, op zijn muziek te dansen. Howlett wil ook een MC. Die komt er, maar Maxim Reality zal de overige vier pas ontmoeten op de avond van hun eerste optreden. Sharky verlaat al snel de band en Howlett tekent een contract met XL-records. De eerste single’What Evil Lurks’ is meteen populair in de rave-scene.

Diens opvolger, ‘Charly’, haalt de derde plek in de Britse hitlijsten. De volgende singles blijven populair (‘Everybody In The Place’ haalt de tweede plek in de UK-charts – achter de re-release van ‘Bohemian Rhapsody’) en ook live lust het publiek The Prodigy – met de dansende Flint en Thornhill – wel. Het eerste album Experience uit november 1992 is – niet geheel onverwacht – een hit. Maar de tour met Moby en Paul Oakenfold die op de release van het album volgt is een flop, met een zware financiële kater voor The Prodigy tot gevolg.

The Prodigy brengt zijn volgende single anoniem uit. Hoewel ‘One Love’ totaal verschilt van het eerdere Prodigy-werk, slaat de single aan. Daarop maakt Howlett bekend dat het om een Prodigy-nummer gaat. In juli 1994 gaat de groep op de ingeslagen weg verder. Het tweede album Music For The Jilted Generation stoot meteen door naar de top van de hitlijsten (in Groot-Brittannie blijft het nummer vier maanden in de Top 20) en The Prodigy speelt voor volle zalen in meer dan twintig landen. Na een jaartje touren is 1996 het jaar van ‘Firestarter’, de grootste Prodigy-hit tot dan toe.
Tot grote verbazing van Howlett, die maar weinig van de single had verwacht. Maar de wereld is gek van het nummer en muziekzenders draaien de videoclip grijs. ‘Breathe’, de opvolger van ‘Firestarter’, is een nog groter succes. Critici beweren dat de heren te commercieel zijn geworden. Veel zenders bannen ’Smack My Bitch Up’, de volgende single. De muziek, en met name de tekst, zou te grof zijn.

Het derde Prodigy-album, The Fat Of The Land uit 1997 bewijst dat Prodigy-fans zich niet zomaar laten afschrikken door een schokkende tekst. Het album haalt de nummer een in 22 landen, waaronder de VS. Na acht intensieve jaren neemt The Prodigy in 1998 en 1999 twee sabbatjaren. In 2000 zou daarop een nieuw album uitkomen, maar de releasedatum wordt keer op keer naar later geschoven. Wel levert Liam Howlett een mixalbum af (The Dirtchamber Sessions, Vol. 1 (1999)) en produceren Reality en Thornhill solo-materiaal.

Maxim zit ook niet stil en brengt een solo-album uit, Hell’s Kitchen (2000). ‘Carmen Queasy’, een duet met Skin van Skunk Anansie, verschijnt op single en wordt een grote hit. In 2001 verlaat Thornhill The Prodigy om zich nog meer op zijn solocarrière te kunnen focussen. In 2002 tourt de band door Australie en Nieuw-Zeeland. Een nieuwe single ‘Baby’s Got A Temper’ speelt The Prodigy voor het eerst in Auckland. Het Finse Radio Maffia is de eerste om de single te spelen – maar wel een gecensureerde versie. Het woord Rohypnos is telkens overspeeld door gitaar. De meeste Britse en Europese radiostations spelen het nummer wel in ongecensureerde vorm.

Always Outnumbered, Never Outgunned verschijnt halverwege 2004. De single ‘Baby’s Got A Temper’ is daar niet op terug te vinden. In 2005 is de band een van de headliners op Pinkpop.De band brengt in aan het einde van 2005 een verzamel album uit met daarop de 15 grootste hits uit de periode 1990 tot en met 2005. Het album is getiteld Their Law: The Singles.

In januari 2006 begint Liam Howlett met de opnames van een vijfde Prodigy-album in een studio in Londen. Hij krijgt hulp van Amanda Ghost. Samen zoeken ze naar zijn nieuwe muziek- en stijlkeuze. Het album Invaders Must Die wordt uitgebracht in februari 2009. Het album is in samenwerking met Maxim Reality en Keith Flint om ervoor te zorgen dat elk nummer live kan worden uitgebracht.

In 2009 staat The Prodigy op Sziget, Rock Werchter en Lowlands. Uit al deze optreden komt een semi-live-album voort: World’s On Fire (2011). Het is een heruitgave van het album The Fat Of The Land, dat 15 jaar bestaat. Op de plaat staan uiteraard live-tracks, maar ook remixes die o.a. geleverd zijn door Noisia en Major Lazer. The Prodigy wordt in 2012 door het Het toonaangevende tijdschrift Mixmag uitgeroepen tot Beste Dance-act Allertijden.

Na zes jaar komt The Prodigy in maart 2015 met hun nieuwe studioalbum The Day Is My Enemy. Op de nieuwe plaat staan onder meer de tracks ‘Nasty’, ‘Wild Frontier’ en ‘Wall Of Death’. Om hun nieuwe album te promoten staat The Prodigy op vrijdag 10 april 2015 in een compleet uitverkochte HMH. Daarnaast is de dance-act dat jaar bevestigd voor onder meer Rock Werchter en WE ARE ELECTRIC.